日常在使用反渗透设备之前，应注意先检查机器外观是否正常，确认各项正常后才可以接通水源和电源，如果设备出现故障，尽量从这些故障现象中找出问题的实质，从而尽快实施检修和维持等对策。
RO膜反渗透系统的故障通常至少出现下列情况：
第一、在工作压力，电导率正常时，产水量下降；
第二、标准化后脱盐率降低，在反渗透系统中表现为产水电导率升高；
第三、标准化后产水量下降，通常需要提高运行压力来维持额定的产水量即工作压力上升；
1、标准化后产水量下降
RO系统出现标准化后产水量降低，可根据下述三种情况寻找原因：
（1）RO系统的第一段产水量降低，则存在颗粒类污染物的沉积；
（2） RO系统的最后一段产水量降低，则存在结垢污染；
（3）RO系统的所有段的产水量都降低，则存在污堵；
2、标准化后产水量下降是最常见的系统故障之一，其可能的原因是：
（1）膜组件的减少即要按照设计的膜组件数量运行；
（2）反渗透膜低压运转即在设计的基准压力以下运行（可能有节流阀）；
（3）发现膜组件压密即当反渗透膜在大大超过基准压力的条件下运转就会发生膜组件的压密，必须更换膜组件；
（4）运转温度的降低，按照设计温度25度运行；
（5）在较高的回收率条件下运转，这会增加平均进水\浓水的TDS，从而增加渗透压.当在75%以上回收率条件下运转时，浓水的水量就减少，这样膜组件内水的浓缩倍率上升，结果造成给水水质严重下降，由于这种给水的渗透压上升，导致透水量的减少，严重时，将膜面析出盐垢，必须按设计回收率产水；
（6）膜发生污染。金属氧化物或污浊物附在膜面上而造成反渗透膜的堵塞（最主要的）。
（7）在运转中反渗透的压差上升，改进预处理的运行管理，改善反渗透的水质，用药品清洗反渗透组件；
（8）油分的混入，注意油绝对不能进入给水，油会污染反渗透膜；
（9）保证过滤器内滤芯是否定期更换，长时间不更换，会导致滤芯堵塞，从而影响反渗透的进水量；
（10）进水电导率的增加，这会增加产水通过膜时所必须克服的渗透压。
3、电导率上升解决办法
（1）首先要确认各阀门开启是否正确，纯水与浓水的比例是否正确；
（2）进水电导率是不是升高即进水电导率是不是比以前升高（如虎门咸潮时，电导率上升到1000μs\cm）；
（3）反渗透膜是否受到污染如无机物结垢CaSO4，MgSO4，BaSO4，有机物污染，金属氧化物的污染等；
（4）反渗透膜是否与强氧化剂(如Cl2)等接触，被强氧化剂降解.任何氧化物质的接触都会损坏膜元件；
（5）O型圈损坏或泄漏，O型圈泄漏会导致反渗透出水电导率上升很快；
（6）反渗透膜接触强氧化性的物质如Cl2，O3等，被强氧化性的物质氧化降解。
4、产水量下降的原因及解决办法
（1）RO反渗透膜是否受到污染或被堵；
（2）进水电导率上升；
（3）发现膜组件压密即当反渗透膜在大大超过基准压力的条件下运转就会发生膜组件的压密，必须更换膜组件。
（4）工作压力是否达到反渗透膜额定工作压力。根据反渗透膜的型号确定额定工作压力，适当提高进水压力，可以增加产水量。
（5）原水中含有一定浓度的悬浮物和溶解性物质。
悬浮物主要是无机盐、胶体和微生物、藻类等生物性颗粒。溶解性物质主要是易溶盐和难溶盐、金属氧化物、酸碱等。在反渗透过程中，进水的体积在减少，悬浮颗粒和溶解性物质的浓度在增加。悬浮颗粒会沉积在膜上，堵塞水流道、增加摩擦阻力（压力降）。难溶盐在超过其饱和极限时，会从浓水中沉淀出来，在膜面上形成结垢，降低RO膜的通量，增加运行压力和压力降，并导致产品水质下降。
（6）水温的影响。
反渗透膜额定产水量是基于25℃设计的，温度每降低1℃，产水量下降2-3%。